On connaît mal le début de l’histoire du Prieuré de Sevrier. On sait qu’une petite église ainsi qu’un cimetière et quelques bâtiments existaient déjà à l’emplacement actuel au XIe siècle. L’Eglise était alors la propriété du Seigneur.
Au XIIe siècle, des chanoines de l’ordre de Saint-Augustin mettent en échec ce patronat laïc et obtiennent l’indépendance du Prieuré en 1237. Le Prieuré permet alors d’apporter un secours religieux sur l’itinéraire de la Rive Gauche du Lac (un peu comme au Col du Petit Saint-Bernard).
Au XIVe siècle après la vacance de la charge de Prieur, le Prieuré est rattaché au monastère de Talloires durant une douzaine d’années puis au Chapitre de Notre Dame de Liesse à Annecy. Le Chanoine d’Annecy fait alors office de curé et les terres du Prieuré servent à nourrir les chanoines de la collégiale d’Annecy.
En 1607, Saint François de Sales y implante un vicaire perpétuel, à la place du Chanoine-curé. Celui-ci vit difficilement des revenus de son exploitation foncière et des redevances dues par les sevriolains. C’est une source de conflits perpétuels et pas moins de 30 procès sont engagés par le Chapitre contre les paroissiens entre 1560 et 1660 !
Le Prieuré était composé de trois bâtiments : le corps principal, accolé au sud de l’église où résidait le prieur fermier, une annexe réservée au second religieux, et la grange de la dîme face à l’entrée de l’église (détruite en 1853), puis le logement du troisième chanoine qui devient le presbytère du vicaire en 1607.
Le Prieuré a été vendu en 1796, lors de la Révolution Française et de la vente des biens du Clergé (dès 1794) dans le département du Mont-Blanc (Savoie française de 1792 à 1815). Il faudra attendre 1803 pour que Sevrier devienne enfin une paroisse ordinaire.
Le Prieuré est resté dans la famille Domenjoud durant près de 140 ans (depuis 1863), la propriété se morcelant quelque peu au fil des ans et donc des héritages.
Le Prieuré a été racheté en 2000 par la commune de Sevrier qui, après quelques travaux, utilise le bâtiment et le parc à des fins culturelles (expositions, etc.).